Màu sắc động vật đã cung cấp bằng chứng ban đầu quan trọng cho sự tiến hóa bằng con đường chọn lọc tự nhiên, tại thời điểm có ít bằng chứng trực tiếp. Ba chức năng chính của màu sắc được phát hiện vào nửa sau của thế kỷ 19, và sau đó được sử dụng làm bằng chứng của sự chọn lọc: ngụy trang (màu sắc bảo vệ); bắt chước, cả Batesian và Müllerian; và tín hiệu xua đuổi. Sau các bằng chứng hoàn cảnh do Darwin cung cấp trong Về nguồn gốc các loài và đưa ra sự vắng mặt của các cơ chế biến đổi gen hoặc di truyền vào thời điểm đó, các nhà tự nhiên học bao gồm những người đương thời của Darwin, Henry Walter Bates và Fritz Müller tìm kiếm bằng chứng từ những gì họ có thể quan sát trong lĩnh vực này.[283]

Bắt chước và tín hiệu xua đuổi

Bates và Müller đã mô tả các hình thức bắt chước hiện mang tên của họ, dựa trên những quan sát của họ về loài bướm nhiệt đới. Những kiểu tạo màu đặc biệt này dễ dàng được giải thích bằng cách chọn lọc tự nhiên, vì những kẻ săn mồi như chim săn mồi thường sẽ bắt và tiêu diệt côn trùng ít bắt chước các mô hình khó chịu hơn so với những loài bắt chước tốt hơn; nhưng các mẫu khác thì khó giải thích.[284] Những người theo thuyết Darwin như Alfred Russel Wallace và Edward Bagnall Poulton, và trong thế kỷ 20 Hugh Cott và Bernard Kelingwell, đã tìm kiếm bằng chứng cho thấy sự chọn lọc tự nhiên đang diễn ra.[285][286]

Ngụy trang

Năm 1889, Wallace đã lưu ý rằng ngụy trang tuyết, đặc biệt là bộ lông và xương chậu thay đổi theo mùa, đã gợi ý một lời giải thích rõ ràng là một sự thích nghi để che giấu.[282][287] Cuốn sách năm 1890 của Poulton, Màu sắc của động vật , được viết trong thời kỳ thấp nhất của Darwinism, đã sử dụng tất cả các hình thức tô màu để tranh luận về trường hợp chọn lọc tự nhiên.[288] Cott đã mô tả nhiều loại ngụy trang, bắt chước và màu sắc cảnh báo trong cuốn sách năm 1940 của ông Màu thích nghi ở động vật , và đặc biệt là những bức vẽ của ông về màu trùng hợp ngẫu nhiên ở ếch đã thuyết phục các nhà sinh học khác rằng những dấu hiệu lừa dối này là sản phẩm của chọn lọc tự nhiên.[285] Kelingwell đã thử nghiệm trên tiến hóa bướm đêm, cho thấy loài này có thích nghi khi ô nhiễm làm thay đổi môi trường; điều này cung cấp bằng chứng thuyết phục về sự tiến hóa của Darwin.[286]